医疗建筑中的使用功能十分复杂，暖通、空气调节及洁净室的设置按使用功能的要求区别很大，这些装置在患者的治疗及康复过程中，可起重要的辅助治疗作用。
医疗建筑的空调系统能控制室内的温度、湿度、气流、洁净度、压力差等各种参数，它不仅能给患者提供舒适的环境，而且己发展为治疗疾病、减少感染、降低死亡率的一种技术保障。洁净室的应用，在治疗白血病、烧伤等方面收到了可喜的效果。在洁净手术室中，由于降低了切口的感染率，收到了巨大的社会效益，也给患者减少了不少痛苦及可能发生的后遗症。所有这些，都与医学技术的进步与空调技术的发展分不开。
空调设备品种很多，只要按照医院各部门的使用要求，就可以组成各种功能不同的空调系统，而这些系统可以满足医疗、仪器、教学及科研的使用要求。由于医疗部门使用要求不同，设计空调系统前必须首先了解各部门、甚至各房间的要求，并应防止相互干扰及污染。空调系统特别是风道系统不宜过大，风道过大或过长，势必使用不够灵活，或者互相串通，难免互相干扰或污染，对有较高洁净要求的房间，最好设置独立系统，这样，房间内的尘、菌不会经风道相互渗透，使用上也方便。对于像手术室这样的部门，还应了解手术的全过程及医疗仪器的布置位置，以便更好地确定送、回风方式及风口布置位置。空调系统是耗能很多的建筑设备，因此应考虑尽量利用蒸汽或热水作为能源，少用电加热器等耗电量大的电器设备。小的系统不仅使用灵活方便，节省投资，而且也节能源，但过于分散造成管理不便。较大型的集中控制能补充这方面的不足，但造价较高。
由于空调机房往往就近布置，其动力部分的噪声，将影响周围房间的使用，必须很仔细地解决好空气或固体的振动传递，做好消声、隔振措施。

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